Uno de sus temas centrales consiste en reutilizar, apropiarse y subvertir los discursos relativos al poder y la obediencia; el psicoanálisis de Lacan y la filosofía política tienen también una presencia destacada. Pérez Agirregoikoa utiliza en su trabajo medios elementales y poco espectaculares; pintura sobre papel, texto, pancartas de tela y técnicas como el carboncillo y la acuarela. Aunque en una primera mirada su obra es de fácil lectura, detrás de esa capa legible el artista nos presenta elaborados comentarios que hablan de nuestro modo de vida y el comportamiento humano con una gran carga irónica. Detrás de eslóganes declamatorios, el artista presenta una cuidada reflexión sobre los códigos de representación.

En la serie Ex-votos (1993-1994) reproduce situaciones acaecidas al propio artista y a sus amigos mezclando realidad, ficción y mitología urbana. El «ex-voto» es un tipo de pintura religiosa o expresión agradecida del creyente por el milagro, en el que la escena ilustrada expresa de manera plástica la consumación de dicho milagro. La combinación de imagen pintada sin demasiado virtuosismo y el comentario textual hacen de estas pinturas una forma de expresión popular y un formato artístico para ser apropiado con intenciones. La singularidad de esta obra está en su técnica, pues están realizados con el programa de dibujo que el Macintosh Performa 650 traía incorporado en aquella época.

En Lalangue Lavion (2011), el artista realizó dos pancartas que fueron colocadas a modo de anuncios comerciales en la cola de una avioneta, sobrevolando la costa hasta las playas de San Sebastián en una calurosa tarde de verano. En las pancartas se podía leer: "Marx, I Love U. Will U Marry Me?" [Marx, te amo. ¿Te casarías conmigo?], y también "Il y a un ennemi" [Hay un enemigo]. Toda la acción fue filmada dando como resultado un documento en vídeo.

Esta exposición pone especial énfasis en el uso más reciente del medio audiovisual. Es el caso de Letra morta / Dead Letter (2104), realizado con motivo de la Bienal de Sao Paulo, 2014. Aquí, Pérez Agirregoikoa realiza un filme en las afueras de la ciudad basada en El Evangelio según San Mateo (1964) de Pier Paolo Pasolini. Partiendo de algunos de los elementos formales y estéticos del original, el guión ha sido reescrito para cambiar el enfoque hacia unos versos bíblicos que el director italiano había pasado por alto. Estos pasajes —por ejemplo, la parábola en la que el inversor de éxito es recompensado y el fracaso en los negocios, sean castigados— son, para el artista, claves para la configuración discursiva del capitalismo occidental.

Un vídeo de nueva producción realizado ex profeso para esta exposición, titulado Radio(a)phonie (2017) continúa con esta estela audiovisual, ahora centrándose en las relaciones entre la política y la educación. El hilo conductor es la educación (y la ausencia de ésta) desde una lectura de La República de Platón, haciendo especial atención al libro VII y el mito de la caverna con sus juegos de sombras y reflexión sobre la naturaleza de la representación, de cómo vemos las cosas y cómo son en realidad. Contando con la participación de un grupo de adolescentes, las escenas están basadas en recuerdos de adolescencia y una mirada crítica al panorama político y las ideologías que dominan nuestra realidad más inmediata.

Junto a estas dos obras audiovisuales, Juan Pérez Agirregoikoa presenta igualmente dibujos en técnicas como el carboncillo, el acrílico y la acuarela en lo que conforma una de sus signaturas más visibles. En El síndrome Muntadas (2009), una serie de 37 dibujos al carboncillo, realiza un ácido diagnóstico del devenir artista en la globalización: cuestionar, con sentido del humor, sobre lo que se considera ser «un artista de éxito» hoy enfrentándose a su propia posición dentro de ese sistema que se ha calificado como «artístico» y dejando en evidencia sus estrategias.

En otros dibujos igualmente significativos, aparecen temas como la reeducación, el rechazo a la familia, la autoridad, la cultura como forma de adiestramiento, el amor al amo y con ello la consiguiente cesión a su deseo. A este respecto, él mismo ha dicho: «Hacer trabajar a los otros es muy complicado. Es imposible que el dicho del amo ponga por sí solo a los otros a trabajar, es muy difícil hacer trabajar a los otros. Pero el amo hace un signo, un significante amo, y todo el mundo se pone en marcha, son los significantes primordiales en posición de la verdad que ponen al Otro a trabajar: la patria, el partido, la empresa, Dios… Y así funciona el mundo, mi trabajo trata de entender estas cosas». Estos son algunos de los temas más insistentes que caracterizan la obra y la trayectoria de un artista, cuyo quehacer oscila por un lado entre el materialismo, el anti-idealismo y lo posible, y, por otro, la voluntad de una contribución sensible y singular al hecho de ser artista.